工欲善其事，必先利其器。我们在这里介绍一些最新的微生物组研究工具和相关技术，包括基因组和转录组的纯化、生物信息学工具、质谱分析、微生物组操纵方法等等。
 
          测序可以说是微生物组研究者手头最有用的工具。不过纯微生物组样品一般很难取得，NEB公司的G. Brett Robb指出。在微生物组样品中，宿主DNA占了绝大部分，有时甚至高达99%。 “在实际样品中，微生物组DNA往往跟我们不想测序的东西裹在一起。”
 
          NEB公司的NEBNext® Microbiome DNA Enrichment Kit解决了这个问题。该试剂盒使用一个甲基化DNA结合蛋白，选择性结合并过滤宿主基因组序列。细菌（和细胞器）基因组一般缺乏真核基因组DNA的甲基化标签，因此一个简单的纯化步骤就足以将其区分开。
 
          这个试剂盒也可以用来纯化宿主DNA，剔除细菌（或细胞器）DNA，Robb指出。举例来说，华盛顿大学和圣母大学的研究人员通过这一途径从粪便样品测序了狒狒DNA，他们将这种方法命名为FecalSeq。
 
          NEB公司还开发了一个产品用于测序微生物组的转录本。原核mRNA的5’末端带有核苷三磷酸，但绝大多数真核mRNA、tRNA和rRNA不具备这样的标签。NEB公司将VCE酶和一个生物素化的GTP结合起来（Cappable-seq），给三磷酸转录本标记上生物素，帮助研究者分离细菌mRNA用于转录组分析。
 
          据Robb介绍，Cappable-seq和NEBNext试剂盒可以互补。“富集试剂盒告诉你样品里面都有哪些家伙，而Cappable-seq能读出活化的基因，告诉你这些家伙到底在干些什么。”Cappable-seq试剂目前在市场上还买不到，想要尝鲜的话还得再等一等。NEB虽然有VCE出售，但生物素化的GTP还在研发中。Robb预计该产品会在今年内面世。
 
          最近Nature Methods杂志发布了一个名为TruSPADES的强大工具，可以大大提升研究者们测序宏基因组的能力。这种算法能将Illumina测序仪生成的300bp短读取，合并成大约1万bp的基因组片段（Synthetic Long Reads）。如果说用短读取相当于语句，那么长片段就是整章文字。显而易见，把整章文字还原成一本书要容易得多。TruSPADES主要是先给100-300bp的短读取装上条码，然后通过de brujin 图把这些片段组装起来，生成Synthetic Long Reads。这种低成本的方法可以更好的确定相连片段，获得更长更准确的长测序片段。


          NEB公司——三十多年的卓越品质，总部位于美国，是生产生命科学试剂的领导，NEB为基因组研究提供最齐全的重组酶和天然酶，并且已延伸至蛋白质组学和药品开发领域，NEB一直专注于内切酶的研究，以商业规模生产限制性内切酶并保持业内领先水平。北京友谊中联生物科技有限公司作为NEB的一级代理商，为您保证产品质量及售后服务。