CRISPR技术的广泛应用也带动了软件开发的热潮。自2013年1月以来，如今已有33个CRISPR软件工具发表。工具多本是好事，只是对于新手而言，到底该使用哪个软件，似乎很难决定。巴斯德研究所的专家Cameron MacPherson对此给出了一些建议。
MacPherson比较了多个sgRNA设计软件，并设计出一款名为CRISPR Software Matchmaker的工具，让你可根据项目需求来选择出最佳的CRISPR软件。这个工具比较了各个软件的8大类特征，从基本功能到高级功能，以及用户交互等。
MacPherson认为，基本功能体现了软件的主要目标，应该放在首位来考虑。这类功能包括“单一靶点设计”、“多个靶点设计”、“脱靶察觉”、“近似设计”、“经验设计”等。之前，这些工具只能针对NGG PAM靶点来设计，但到了2014年年底，它们允许PAM的任意定义。
高级功能包括“SNP察觉”、“二级结构察觉”等。这些并不是必要的，但可能非常有用，这要取决于设计目标。目前比较少的工具带有这些高级功能。此外，还有一些实用功能，如“多重设计”、“多方法设计”等，有望加速sgRNA的设计过程。当然，用户交互的特征也决定了软件是否好用。
说了这么多，你可能还是一头雾水。那么，到底该用哪个软件呢？MacPherson认为，对于那些之前开展过CRISPR实验的实验室，他们最好将过去的结果与软件的设计进行比较，以评估每个软件的预测能力。对于那些刚刚踏入sgRNA设计领域的新手，最好是根据当下的需求来选择，并在几次实验后重新评估。不过，MacPherson也给了一些建议。
新手的最佳工具：初来乍到，你需要熟悉一下语言，并了解各个参数代表什么。MacPherson认为最好的边做边学工具是E-CRISP。作者在设计时花了很多工夫，能够提供详细的参数解析。E-CRISP分析假定设计的靶点特异性，并评估它们的基因组背景（如外显子、转录本、CpG岛）。
生物学信息学家的最佳工具：也许你更在意分析的灵活性，你需要访问原始数据、靶位点、脱靶位点以及各种统计参数。对此，MacPherson建议你使用Cas-OFFinder。它能够提供所有字符串的数据转储。你可以在线使用，也可以下载软件，在任一台启用OpenCL硬件的计算机上使用。
对于那些希望将CRISPR技术转移到一个新物种的研究人员而言，MacPherson建议使用ProtospacerWB。它就是为新物种的应用而开发的，是个离线工具，但带有图形用户界面。
MacPherson认为，实验室应事先确定需要软件工具做什么，才去选择。大家可以利用CRISPR Software Matchmaker来根据需求选择软件工具。不断优化你的标准，直到你找到最佳的工具。然后，开展几次实验，并根据结果来重新评估工具。这样才能确保好的结果。