即使蛋白酶对细胞功能很重要，但你也有不想见到它们的时候。比如，在纯化蛋白质的时候，你可不想让蛋白酶大肆吞噬你的目标蛋白吧，特别是低丰度蛋白。如今，市场上有多种蛋白酶抑制剂可供选择，帮助你在必要时停止蛋白酶的活性。
为了对付细胞和组织样品中存在的各种蛋白酶，抑制剂的选择也在不断增加。目前，主要有四种类型的蛋白酶，根据他们活性位点中的氨基酸命名：丝氨酸蛋白酶、半胱氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶和金属蛋白酶。蛋白酶抑制剂可以特异针对一种蛋白酶，也可以是广谱的。
人们通常根据抑制剂作用的蛋白酶类型，以及它们可逆或不可逆，对蛋白酶抑制剂进行分类。如何选择和使用？这似乎是一个难题，光看名字就已经让人头晕了。下面让我们来听听专业人士的建议。
从鸡尾酒开始
蛋白酶抑制剂的选择，取决于每个用户的个性化实验，不过对于裂解细胞或匀浆组织的应用，抑制剂混合物（或者说鸡尾酒）通常是个比较保险的选择，可阻断不同的蛋白酶。Abbexa最畅销的抑制剂就是两种混合物：Protease Inhibitor Cocktail Multipurpose以及Protease, Phosphatase & PMSF；这两者都适用于裂解液。“它们普遍适用，适合许多样品，无论是新鲜还是FFPE组织，抑或不同的物种，”Abbexa的经理Sabrina Calabressi谈道。
若研究人员希望保留目的蛋白，同时维持细胞健康，默克密理博的高级经理Chandra Mohan也建议使用抑制剂混合物。她建议选择针对四种蛋白酶的抑制剂，如默克密理博的Protease Inhibitor Cocktail III。它可抑制哺乳动物细胞和组织中的天冬氨酸、半胱氨酸和丝氨酸蛋白酶以及氨肽酶。
有时，不那么特异的抑制剂似乎是个更好的选择。“在裂解细胞或制备组织匀浆液时，最好使用具有广谱特异性的抑制剂，”Mohan说。“它们应当快速反应，与蛋白酶不可逆结合，并在蛋白纯化后轻松去除。”
尽管如此，选择困难症还是围绕着你。Abbexa认为，尝试不同的类型是供应商的责任，而不是研究人员的。这家公司建议你和供应商交流，让他们将利用自己的专业知识来帮你选择。通常，Abbexa在了解研究人员的特定分析、样品类型和应用之后，才推荐最佳的抑制剂。
考虑作用机制
对于某些类型的实验，你也许要在更小的范围内搜索抑制剂。根据Mohan的建议，你需要先确定阻断的是哪种类型的蛋白酶，然后再选择合适的抑制剂。因为不同的抑制剂有不同的作用机制。
“蛋白酶抑制剂可能是可逆的，也可能是不可逆的，它们通过空间位阻来防止底物靠近活性位点，”Mohan说。其他抑制剂可能通过修饰蛋白酶活性位点的氨基酸来发挥作用。“比如，PMSF可让丝氨酸蛋白酶失活，它与活性丝氨酸发生反应，其中氯甲基酮衍生物与活性位点中的催化三联体反应，”Mohan谈道。
先广泛，后具体
如今，抑制剂用在各种各样的应用中，这也是人们需要谨慎选择的一个原因。“下游的处理和分析，将决定蛋白酶抑制剂的选择和使用，”Sigma-Aldrich的市场部经理Robert Gates谈道。例如，他补充说，“液相蛋白质组分析（如血清）可能需要蛋白酶的立即抑制，因为它们会水解低丰度的目标蛋白。”
事实上，目前有这么多类型的抑制剂，将它们分门别类还真是很困难。在选择蛋白酶抑制剂时，Gates建议从广泛的开始，然后不断缩小范围。“第一步可能是尝试预先配置的鸡尾酒，比如Sigma-Aldrich的P8340，专为哺乳动物的组织而设计的，”他说。“如果蛋白水解仍然存在，可以采取针对特定组织和蛋白的方法。”
当然，各家公司仍在不断开发抑制剂，以满足科学家不断变化的需求。Sigma-Aldrich、Abcam、默克密理博等都在网站上提供资源，指导研究人员做出更好的选择。
“我们的MS-Safe抑制剂混合物避免了PMSF和AEBSF抑制剂对蛋白的修饰，也解决了磷酸酶的抑制，”Gates说。“在理想情况下，以后我们向样品中添加一种混合物，就能停止所有的蛋白水解，并且通过抑制磷酸酶、激酶、糖基转移酶和糖苷酶的活性，冻结翻译后的修饰。”
我们是否能使用更少的抑制剂来抑制更多的蛋白酶，这还有待观察。不过，在这么多的选择中，你肯定能找到一种有效的蛋白酶抑制剂，这是毫无疑问的。